作為截斷長江并且處在長江上游和中下游地形大轉折附近的巨型工程，三峽水庫對長江的影響是極其深遠的。對長江中下游來說，清水下泄導致河床掏深，加上汛后蓄水導致的下泄流量減少，是長江及其通江湖泊水位連年走低、干旱頻現的重要影響因素，同時也使長江口的咸潮入侵提前和加劇，這是三峽工程建成后，長江中下游不得不面臨的水資源與水環境的嚴峻挑戰。
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排渾蓄清，汛后攔水，

長江中下游水位走低

長江的湖北宜昌至江西湖口段以及江西湖口至長江口段，分別被稱為長江的中游和下游。許多觀測數據和研究結果表明，雖然降水減少是造成長江中下游旱災的重要原因之一，但三峽水庫等大型工程的蓄水，的確也對干旱產生了不可忽視的重要影響。

人們通常認為，水庫可以“調豐補歉”，在洪水期蓄水，枯水期放水，解決天然河流流量的季節性不均衡，但實際情況并非如此。汛期時洪峰不斷形成，水庫是通過把每次洪峰的一部分暫時攔截在水庫里，削減洪峰流量，稍后再往下泄洪，形成“錯峰”來防洪。由于河流在汛期的總流量遠遠超過水庫的防洪庫容，而且一次洪峰可能持續時間很長，或者兩次洪峰之間可能間隔時間很短，所以水庫在攔截每一次洪峰時都不可能把水庫裝滿，始終要留有余地，否則，隨后而來的洪峰就可能讓水庫來不及泄洪而導致漫壩甚至潰壩。水庫每次攔截洪峰的部分流量后，也會盡快將其下泄，使水位降至“汛期限制水位”，以保證有足夠的庫容攔蓄后來的洪峰。